Les premiers registres conservés apparaissent à Châteaudun en 1591 (baptêmes et mariages) et à Authon en 1598 (baptêmes dans un premier temps, puis mariages dès l'année suivante).

Au XVIIe siècle, des registres sont conservés pour les protestants de la région de Dreux (églises réformées de Blainville puis de Fontaine-sous-Prémont) à partir de 1617, de Dangeau à partir de 1622 et de la région de Chartres (église réformée du Pont-Tranchefêtu) à partir de 1655.

Les protestants appliquent comme les catholiques le Code Louis et tiennent à partir de 1668 des registres annuels communs aux trois types d'actes. De tels registres sont conservés pour les communautés déjà citées, mais aussi pour celles de Bazoches-en-Dunois et de Laons.

D'autres communautés ont existé, comme à La Ferté-Vidame, mais leurs registres n'ont pas été conservés.

Après la révocation de l'Edit de Nantes, en 1685, les protestants n'ont plus d'existence légale. Les registres cessent donc d'être tenus, ou le sont clandestinement et n'ont pas été conservés. Dans tous les cas, les séries de registres qui nous sont parvenues s'interrompent en 1684 ou 1685.

La situation évolue au milieu du XVIIIe siècle en raison d'une préoccupation très particulière, qui est celle de la police des inhumations. Les protestants, même s'ils ne peuvent officiellement se déclarer comme tels, ne souhaitent pas ou ne peuvent obtenir l'inhumation de leurs morts dans les cimetières catholiques et sollicitent du juge seigneurial l'autorisation de procéder à des inhumations dans des terrains privés. Certains juges prennent le soin de rédiger les autorisations accordées sur des registres particuliers, qui deviennent vite de véritables registres des sépultures pour la communauté protestante locale.

Deux de ces registres, qualifiés, puisque les protestants n'ont pas d'existence légale, de registres des sépultures des " non-catholiques ", sont conservés, l'un pour les protestants relevant de la justice de la baronnie d'Authon, à partir de 1742, et l'autre pour ceux de la seigneurie de Guillonville, à partir de 1771.

Un édit du roi, en novembre 1787, constate que les non-catholiques ont, à défaut d'existence légale, une existence de fait, et que l'absence de documents constatant leur état civil entraîne, par exemple pour le règlement des successions, des complications juridiques insurmontables. Il apparaît donc nécessaire de faire constater dans des conditions définies par la loi la naissance, le mariage et le décès des non-catholiques.

L'édit prévoit que ces actes seront enregistrés par la juge seigneurial du lieu de leur domicile. En outre, les non-catholiques pourront faire enregistrer par le juge royal les mariages contractés avant la publication de l'édit.

Celui-ci institue donc pour les protestants un véritable état civil avant la lettre.

Des registres d'état civil, tenus à partir de 1788, sont ainsi conservés pour les protestants relevant de la justice du marquisat de Fains et pour ceux des seigneuries de Guillonville et de Soulaires.

De même, sont conservés les registres des déclarations de mariages effectuées devant les juridictions royales de Châteauneuf-en-Thymerais et de Janville. Ces déclarations concernent souvent des couples mariés depuis dix ou vingt ans et qui ont profité de l'édit de tolérance pour donner à leur union un caractère officiel.